usa en tu .htaccess en la raiz del sitio
esto:
Options All -Indexes
<Files "includes/conexion.php">
Order Deny,Allow
Deny from all
Allow from localhost
</Files>
<Files "servicios/instruciones.php">
Order Deny,Allow
Deny from all
Allow from localhost
</Files>
Es directiva la podes usar con todos los archivos que quiereas y lo que hace es permitira localhost el acceso a los archvio y denegarle al resto
Nota: existen manuales en apache.org revisa especialemte la parte de directivas aplicadas a l .htacces con el puedes hace maravillas
