Gracias Ronruby, pero ya lo he podido solucionar.
Como me decias tu, no me funcionaba, y lo he hecho de esta manera:
Código PHP:
//El numero que uso
$num = '1234.06';
//le doy el formato que quiero
$num_formateado = number_format($num, 2 ,',','.');
//que me guarde los deciales despues de la coma
$decimales = strstr($num_formateado,',');
//obtengo la longitud de la cadena y le resto los 2 decimales y la coma
$longitud = strlen($num_formateado)-3;
//que me guarde el numero formateado desde el principio asta la longitud guardada
$num_entero = substr($num_formateado,0,$longitud);
//uno el numero entero con los decimales y el color.
echo $num_entero.'<font color="#FF0000">'.$decimales.'</font>';
Es un poco royo, pero no llego a mas, y bastante trabajo me ha costado llegar a esta solucion.
Un saludo, amigo.