Oye, está dificil pero no imposible... La única forma factible que le veo, es pasar todo esa cantidad de información a texto plano.. Pasarlo por algún script, y separar los datos, para luego así insertarlo en la BD.
Pero creo que lía un poco recuperar 35000 registros de un PDF...
Por qué no mejor pides el respaldo de esos 35000 registro en un archivo SQL? con las sentencias SQL ya hechas?. Sería mejor.
Saludps!