flujo de programa con setTimeout y alert

[flashNovata]

Hola,
a ver si alguien me puede ayudar.
Tengo este código en JS:

{
...
Directions.sendDirections(7);
setTimeout("startRoute()",5000);
setTimeout("actualizar()",tiempoInicial);
}

function actualizar(){
alert('blahblah');
...
setTimeout("actualizar()",1000);
}

Así funciona, pero si quito el alert('blahblah') de la funcion actualizar, ya no se ejecuta el código de la misma, porque hay una variable en la página que debería avanzar y no lo hace. Supongo que es que hay algo raro con el flujo de programa.
También si pongo lo siguiente:

alert('1');
setTimeout("startRoute()",5000);
alert('2');

los dos alert salen seguidos, es decir, sin que pasen los 5 segundos.
¿alguna idea?

saludos