Hola Mike. Por desgracia todos los que conozco son de pago, ninguno freeware.
Entre los que conozco:
--- COMPRADOS ---
Amorphium: Muy bueno, con salida en formato SWF. Ahora con su versión 3, utilizada en la última película de Austin Powers (tengo la versión 1).
http://www.amorphium.com Swift 3D: Bueno; algo complicado de utilizar para escenas complejas.
http://www.electric-rain.com/ Truespace: No exactamente para Flash, pero puede exportar las animaciones en formato .AI (illustrator), y quedan muy bien editandolas en Flash. Esta fue mi primera herramienta para usar 3D en Flash.
http://www.caligari.com
--- OTROS ---
discreet PLASMA: Muy bueno, fácilisimo de usar si ya se trabaja con 3D Studio Max. Caro.
http://www.discreet.com/products/plasma/ Vecta3D: Bueno, algo primitivo como standalone, pero bastante aceptable como plugin del 3D Studio Max (lo he visto en acción y me gusta). No conozco la URL.
En fin, espero que esto te oriente algo. En cuanto a donde bajarlos, sólo conozco los sitios oficiales, y son bastante caros, ya que en general son orientados a empresa, no a entry-level, pero valen la pena. El Truespace por ejemplo, lo utilizo desde la versión 1, y jamás me ha fallado en ningún proyecto. Su único punto débil es la precisión, que no es la suficiente para aplicaciones que requieren escalas muy exactas; pero para infografía funciona de maravilla. Otra de sus ventajas es que es MUY barato comparado con opciones similares.