Si te funciona...
Código PHP:
$command="ssh usuario(arroba)xxx.yy.zzz.ww ls"
prueba con...
Código PHP:
$command="ssh usuario(arroba)xxx.yy.zzz.ww /ruta/donde/esta/tu/script/archivo.sh"
y que el script "archivo.sh" posea permisos de ejecucion para el usuario que se loguea por ssh.
Saludos!