Pues para eso hay varios puntos que decir.
El primero. No se de donde scaste el codigo fuente de windows que mencionas, al menos que seas del equipo de programacion d emicrosoft que desarrolla linux
Ahora ya mas con respecto a tu pregunta.
Si se puede hacer(obviamente) un sistema operativo con C y Assembly. La diferencia es que no tienes libreria estandar. Lo único que tienes es un compilador, y un ensamblador, porque hasta donde recuerdo el enlazador produce la cabecera para cada SO.
Entonces, tan facil como programar primero tu propia libreria estandar con el formato que quieras. Si, hacer tu propio stdio y tu propio stdlib y las mil cabeceras y archivos que contiene la libreria estandar.
Claro, para hacer esto, necesitaras funciones de bajo nivel, para poderte comunicar con el hardware y pues creo que ahi assembly es donde entra en acción.
Aparte debes de tener el cargador de tu SO hecho en assembly.
Es un bonito proyecto, pero bastante pesado para una prsona sola, mas no imposible.
Suerte.
Saludos