Dos temas, el primero es la compatibilidad de export / import entre diferentes versiones de Oracle, segun metalink para pasar de 9i a 11g debes hacer el export y el import con los binarios de la 9i.
En segundo lugar, un export / import full siempre te va a dar errores sobre objetos que ya existen, lo que puedes hacer es generar en la importación un log y evaluar si los errores son aceptables o no. Otra opcion es hacer la migración por usuarios, esto es mas facil cuando no hay integridad referencial entre esquemas.
Por ejemplo, para exportar
Código:
exp system/pass@9i file=user1.dmp owner=user1
Para importar, primero hay que crear el usuario en la base de datos 11g y otorgarle los permisos necesarios
Código:
imp system/pass@11g file=user1.dmp fromuser=user1 touser=user1 log=import.log
Saludos