Cita:
Iniciado por Dude-- 
En <head> y a su vez, por ser JavaScript, tendrás que crear la etiqueta <script language="JavaScript"> y </script> para meterlo entre ellas.
Lo que pasa es que como tú dices escribirá la imagen al principio del <body>. Si quiere ponerla en un lugar específico debería hacerlo con la propiedad innerhtml y rellenar un div.
me refiero a:
Código HTML:
<head>
<script type="application/javascript">
imagenes = ['imagen1.jpg', 'imagen2.jpg', 'imagen3.jpg'];
document.getElementById('lacapa').innerHTML='<img src="' + imagenes[Math.floor(Math.random() * imagenes.length)] + '" alt="Imagen aleatoria" />';
</script>
</head>