en lo personal no me gusta que las webs esten creadas a un 100% en flash, es bueno si tienes algun elemnto flash como complemento (reproductor de audio o video, o algo parecido), ya que si haces toda la web en flash, aparte de las desventajas que plantea Dude-- es que no todos tus clientes van a tener la capacidad de correr un sitio enteramente en flash y menos si tienes demasiadas animaciones y ocupa mucho espacio... Aunque hoy en dia muchas personas ya tienen computadoras con gran potencia, todavia queda un sector muy grande que utiliza PCs que no tienen mucha capacidad (yo sigo con una cafetera de 40gb de disco duro y 128mb de RAM
)
Es lo que pasa con muchos diseñadores flash, no piensan en todos los sectores que pueden abarcar para vender su producto, y muchas veces hay incompatibilidad entres navegadores...
Es solo mi opinion, ya tu sabes si lo implementas o no, pero una web a puro css/html/php puede llegar a ser mas vistosa que una hecha en flash