Rogant,
prueba esta consulta para ver si te da lo que quieres:
Código sql:
Ver originalSELECT d.nombreactivo, t1.totciudades totciudades, COUNT( co.comuna ) totcomunas
FROM departamentos d
INNER JOIN (
SELECT d.nombreactivo, COUNT( * ) totciudades
FROM `departamentos` d
INNER JOIN ciudades c ON d.codigo = c.cdepartamento
GROUP BY d.codigo
)t1 ON d.nombreactivo = t1.nombreactivo
INNER JOIN ciudades c ON c.cdepartamento = d.codigo
INNER JOIN comunas co ON co.cciudad = c.codigo
GROUP BY d.codigo