Duda sobre maquetacion y menús

[elsalta]

Hola, estoy desarrollndo un sitio con un menu lateral y un menu en el encabezado, pero me encuentro ahora con que la profundidad de mi próxima web no está todavía finalmente decidida y ni siquiera va a ser fija (lease raiz/sección/subseccion/subseccion/etc) en realidad parece ser que va a ser bastante dinámico.. este dinamismo puede llevarme a tener que hacer modificaciones futuras al menu o al encabezado, cosa que ya veo va a ser bastante complicada a futuro..
Mi duda surge a partir de que recuerdo haber leido por ahi que era mucho mejor abrir estos menúes en iframes o con includes, asi claro, se hace uno solo para toda la web.. mi pregunta entonces es ¿cuál es la mejor forma y cuál es la forma correcta de hacerlo?
Gracias de antemano!