Cita: El usuario seria parte de empleado ? o se hace en una entidad aparte ?
sería una entidad aparte. Por ejemplo, en empleado podrías tener información de nomina, vacaciones, fecha de ingreso etc. información que no necesitaría un usuario.
Pero vuelvo y te digo Drknow, mira los alcances del sistema y que tantas cosas piensas abarcar en el.
Si tu sistema es algo simple, es mas complejo trabajar con tantas tablas anidadas para hacer cosas muy simples. En los documentos, no se justificaría crear una nueva tabla para meter 10 o 15 registros. Analiza si cada tipo de documento tiene sus atributos propios relevantes y si se justifica hacerlo de esta forma.
Un saludo.