Ajax a PHP y luego a JavaScript

[Panino5001]

El hecho de usar document.write te está indicando que el script se ejecuta al cargarse la página (en realidad, al cargarse el script). Deberás buscar otro método de inserción que puedas llamar cuando readyState sea igual a 4, para regenerar los swfs (swfObject es una buena opción). No te servirá nada que use document.write, ya que cualquier llamada a ese método cuando la página ya ha sido servida reescribirá su contenido.