Puedes encontrar funciones de cadenas en el manual de mysql:
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/...functions.html
Un ejemplo de REPLACE()
Código:
UPDATE usuario SET email = REPLACE(email, '\\r', '')
Eso te actualizaría todos los registros como quieres.
Saludos,
De paso, muevo tu tema desde PHP a MySQL, ya que la solución está por ahí.