Eso depende de cada usuario, yo tengo Adblock tambien y lo uso nada mas cuando algun elemento en determinado sitio hace que se ponga lento.
De cualquier forma, los que usamos Adblock pocas veces (no me arriesgo a decir
nunca porque no tengo la certeza) hacemos click en publicidad, por lo que no representamos una fuente de ingresos, con o sin el plugin.
Cita: ¿Sería muy molesto para el visitante que apareciera un aviso pidiendo (por favor, eso sí) que lo desactivaran?
Si, es el mismo caso de querer que no usen IE, pero un poco mas grave. Es el tipo de cosas que queda a eleccion del usuario.
Vuelvo al punto, si ganaras por mostrar anuncios si afectaria, pero como en la mayoria de programas ganas por click, dudo que haga diferencia desactivar Adblock.