Disculpa xurxinho, no soy muy buena (bueno, no soy ni buena) con php y no acabo de entender cómo integrarlo. Por cierto, no son checkbox sino botones de selección lo que debo poner.
¿Serías tan amable de detallarme más?. Entiendo que la línea a modificar en mi código sería esta:
Cita: <option value="<?=$fila["id"] ?>"<? if ($fila["id"]==$alumno) { echo " selected"; }?>><?=$fila["valor"] ?></option>