Hola:
Llama a
JOptionPane para el dialogo y cuando te devuelva que el usuario ha aceptado el dialogo, llama a setVisible(false) o dispose() del JFrame. El primero simplemente oculta la ventana, el segundo la oculta y la deja disponible para el recolector de basura. Si lo que quieres es terminar totalmente la aplicación, llama a System.exit().
Se bueno.