puedes lidear con oscommerce es open source y posee una contribucion llamada dowland controler ... a un que medio jodido intalarlo funciona con muchas plataformas de pagos ...
tambien si no quieres andar rompiendote la cabeza con el oscommerce usa prestashop que es otro open source posee un lado administrador amigable y ya trae por defecto un controlador de articulo digitales el modulo funciona a la perfeccion... y hace los que deseas ahora para programa de afiliado creo que tendras que crearte un modulo o utilizar el oscommerce
que tambien posee una contribucion para tal fin...
saludos!!