primero, evita hacer un ciclo dentro del primer ciclo... no es necesario
!
segundo, ya tienes un índice con
foreach() el cual puedes usar para los enlaces
Código PHP:
foreach ($_POST['checkboxes'] as $key => $val)
{
echo "{$_POST['checkboxes'][$key]} : {$_POST['inputs'][$key]}<br />";
}
suerte!