No te preocupes por Google, las redirecciones le ayudan a encontrar los documentos que han cambiado de ubicación. Ése es el objetivo en este caso.
Si realizas cambios en la estructura del sitio a nivel URLs para no perder posicionamiento se utilizan los redireccionamientos y son altamente recomendables en estos casos. 1 de 2: Puedes decirle a Google donde han ido a parar esos nuevos documentos o puedes librarlo al azar y que los encuentre solo. Con ese ejemplo creo que ha quedado claro qué es lo mejor.
Se actualizarán las URLs en Google, de todos modos no desesperes ya que esto puede demorar un tiempo.
Con respecto a eliminar las líneas del htaccess no le encuentro mucho sentido, yo lo dejaría.