Flash tiene esa "peculiaridad" no le gusta que le pisen. En pocas parlabas intentar colocar algo encima de una animación en flash, hace que no se vea.
Procura no poner animaciones flash como fondo, y en el caso de poner una animación que sea GIF.
De todas maneras intenta ponerle la propiedad:
Código:
<param name="wmode" value="transparent">
Te dejo un enlace que te lo explica:
http://www.adobe.com/es/support/flas...ents/wmode.htm