Las formas que conozco:
Fomra 1:
Código PHP:
mysql_query("TRUNCATE TABLE alguna_tabla");
(eso borraría todos los records de la tabla y reiniciaría el ID)
Forma 2:
Código PHP:
mysql_query("ALTER TABLE alguna_tabla AUTO_INCREMENT = 1");
(eso colocaría el valor "next autoincrement" en 1 reiniciando así el ID)
PD:// huesos52 se adelantó así que disculpar la repetición del alter table :P