No veo un problema en si con las 'ñ'. Pero en vez de complicarte con los tildes, y las 'ñ', antes de ingresar el texto, lo guardás pasandolo por la función htmlentities. De esa manera los tildes y los caracteres te los guarda, como se verían en html. Te cito la fuente porque no puedo poner el link
Cita:
Iniciado por elmaster 
Tomás, mirá donde nos venimos a encontrar!
Bueno, el problema es por una diferencia de encoding entre apache y mysql y hasta posiblemente tu navegador, es todo un quincho. Lo más sencillo que podés hacer es transformar todos los caracteres especiales a su equivalente html con la función htmlentities() antes de guardarlos a base de datos, por ejemplo:
Código PHP:
$texto = htmlentities("este texto es una confusión");
quedaría como "este texto es una confusión" y no va a tener problemas para ser guardado en la base de datos.
Saludos!