Código sql:
Ver originalSELECT e.id, 
    e.nombre, 
    COUNT(*) AS Total 
FROM establecimientos e 
         INNER JOIN establecimientos_sectores s 
          ON e.id=s.idestablecimiento
WHERE s.idsector=2 
         AND e.idciudad="09" 
GROUP BY e.id ORDER BY RAND();
  
Ahora, si? 
En este caso Total siempre deberia ser 1 por lo que es inutil    
Código sql:
Ver originalSELECT e.id, 
    e.nombre 
FROM establecimientos e 
         INNER JOIN establecimientos_sectores s 
          ON e.id=s.idestablecimiento
WHERE s.idsector=2 
         AND e.idciudad="09" 
ORDER BY RAND();
  
Te dará la misma lista. 
Si quieres el total de establecimientos    
Código sql:
Ver originalSELECT COUNT(*) AS Total 
FROM establecimientos e 
         INNER JOIN establecimientos_sectores s 
          ON e.id=s.idestablecimiento
WHERE s.idsector=2 
         AND e.idciudad="09";
  
Si usas php hay funciones para preguntarle a la primera sentencia cuantos registros ha generado... 
Quim