Es como preguntar ¿qué color debo usar? Depende para uqé lo vas a usar, qué tipo de salida vas a necesitar... Ahí estas mencionando codecs de Avi, pero, necesitas Avi de verdad??
Del audio, pues es muy relativo, pueden ser muchas cosas como para explicar una por una
Primero veamos lo primero, qué tipo de archivo final necesitas, apra ver qué formato y codec te combiene más.