A mi siempre me ha dado problemas este tipo de includes "relativos".
Por eso te recomiendo que los hagas absolutos. Es decir, desde el directorio raiz --> / (NO ES donde se encuentra index.php).
Por ejemplo, en algo.php llamamos a:
Código PHP:
$path = dirname(__FILE__);
Y este algo.php lo incluimos en todos nuestros scripts.
La variable $path contiene la dirección absoluta del dominio /home/blablabla/index.php por ejemplo: $path.'/index.php';
Prueba a hacer algo así. Te evitas todos los problemas.