Cita: This feature has been DEPRECATED as of PHP 5.3.0 and REMOVED as of PHP 6.0.0. Relying on this feature is highly discouraged.
Al igual que register_globals, depender de esta función es una muy mala práctica.
Principalmente cuando piensas distribuir una aplicación, puede que no todos los servidores la tengan activadas, y alguien aprovechando eso, te puede "colar" un ataque de inyección SQL.
Lo mejor es no depender de esta directiva, y menos aun cuando llegue PHP6.