Nada tiene que ver la configuración de phpMyAdmin, que o es más que una aplicación PHP.
Debes hacer un debug de tu código línea por línea. Haz echos, prints, var_dumps. Verifica las condiciones, los valores booleanos, los datos. Todo línea por línea. Como tu problema tiene que ver con sesiones, debes verificar que la sesión sea constante. Prueba agregando un nombre a la sesión (
session_start()), verificando los ids (
session_id() en todas las páginas que estén ligadas, etc. Sólo así podrás saber dónde y cuál es el error. Como ya te dijeron, parece que no se trata de un error de código, sino de diferentes configuraciones. Revisa por allí.
