Hola:
Se puede saber si existe contenido con el método hasChildNodes()... y con un bucle sencillo puede borrarse todo el contenido...
while (elemento.hasChildNodes()) elemento.removeChild(elemento.firstChild); // también serviría lastChild...
Luego se puede usar sin problemas appendChild... y si siempre se tratase de un nodo se podría usar simplemente replaceChild (pero solo se replazaría un nodo...)
Saludos
