mmm..... es algo simple
Código PHP:
$old = 'foo.txt';
$test = file($old);
echo array_shift($test); // primer elemento o linea
// re-escribimos
$tmp = fopen($old, 'w+');
fwrite($tmp, join("\n", $test));
fclose($tmp);
Edito: bueno, es simple con archivos pequeños.... xD
suerte!