Es difícil lo que quieres hacer porque las estadísticas funcionan ejecutando el script cada vez que se visita el archivo. Lo veas como lo veas siempre se ejecutará para los 3.
A lo mejor se puede hacer pero no es aconsejable que mantengas así la web, tienes el contenido duplicado. Lo mejor es que lo dejes en el .com (la terminación más popular) y redireciones (redirección 301) los otros dos. Toda la importancia de los 3 dominios se concentrará en uno sólo.
