Si tienes la redirección bien realizada no importa como te enlacen, lo que si importa es que tu informes a Google sobre utilizar o no el www. tanto con un 301 a tu url verdadera, así como en la herramienta de webmasters en la sección dominio preferido.
Otro error común aparte de duplicar tu home por www. con o sin, es duplicar el contenido cuando tienes más de un dominio, por ejemplo si te compras el .com .net .org puedes parkear y van a llegar a tu sitio, pero además como extra debes redireccionar con 301.
Y otra tercera obvia pero que muchos newbies caen en error es duplicar (o triplicar ya) el home usando index.php o index.html
El home del un sitio debe ser el dominio, nada de poner el archivo inicial
Todos deben llevar un 301 al home
ÚNICO y realizar un buen procesamiento de este desde tu CMS o desarrollo propio.
Te dejo un Google Link para no hacer spam :)
http://www.google.com/search?q=con+o...edireccion+301 y que la suerte SEO nos ampare jaja