Para Archivos grandes y en general es mejor usar mysqldump a través de la consola ó interfaz de comandos de mysql, con eso no tendrás problemas con el peso.
Aquí tienes un ejemplo
Código sql:
Ver originalshell> mysql nombre_de_base_de_datos < fichero_de_seguridad.SQL
Si tu servidor es remoto conectate vía el SSH
Saludos!