La aplicación más eficiente que conozco viene con el mismo MySQL: Es el mysqldump.exe, aplicación de consola que genera un script sql que permite reconstruir la base completamente.
Para ello se necesita iniciar una ventana de comandos (D.O.S.) y poner:
Código DOS:
Ver originalmysqldump -uusuario -pclaveusuario --routines=TRUE basedatos>archivo.sql
Aquí los únicos secretos son:
1. No debes dejar espacio entre el -u y el nombre del usuario, ni tampoco entre el -p y la clave.
2. --routines=TRUE no es un valor por default.
Si no lo pones, el backup no incluirá ni funciones ni SP ni triggers.
Fuera de eso, este es el método en las tablas innoDB. Si tu base tiene tablas MyISAM, lo mejor es mysqlhotcopy. Date una vuelta por el manual de referencia en la web:
5.8.1. Copias de seguridad de bases de datos