lo mas comun segun lo que mencionas, es que uno de los campos trae una tabulacion o un salto de linea, y eso puede estar provocando el defase, ya que estaria tomando o columnas o registros de mas.. y al final no se acompleta el registro segun los campos.
Por ello inesperado de fin archivo.
Abre tu archivo en un editor de texto que te permita visualizar los tabuladores y salto de linea para validar el archivo.
Saludos!