¿Que tareas de administración tiene que hacer el usuario final?
¿No podés usar algo como Webmin y restringirle las tareas que quieres que haga?
Edito: Si buscas por ejemplo:
Java pam authentication hay bastante info.
Me parece que aun no entiendes lo que quiere decirte Ociomax.
Este tema creo que va mejor en el foro de Java.
Saludos
Saludos