Donde pongo las demas paginas

[Abelmelero]

Hola, estoy haciendo una pagina web, todavia no la e subido, y tengo una carpeta que se llama "mi pagina" y en ella esta todo el contenido de la pagina que estoy creando.
Dentro de esa carpeta hay otra carpeta que contien la pagina principal que se llama Index.
Y tambien tengo otras carpetas dentro de "mi pagina" que contienen otras paginas, que son otras secciones de la misma pagina que estoy creando.
Y la pregunta que tengo es, que si las demas paginas tienen que estar en la misma carpeta que Index o da igual donde esten, lo digo porque cuando alguien pinche en un link de la pagina Index , si no estan en la misma carpeta , pasa algo?
Osea, donde este la pagina principal Index, tienen que estar todas las demas? o da igual que esten en otras carpetas.
No se si me explicado bien, si no lo he hecho decirmelo, espero vuestra respuesta
gracias.