Hola Abelmelero, te contesto. Da igual donde esten tus paginas, aunque te recomiendo que esten en la misma carpeta que la index. lo que varia es el Hipervinculo al que llamas cuando quieres ingresar desde la index a otra pagina.
Ej:
Yo tengo dos paginas en la misma carpeta:
Index.html y
contacto.html
En este caso en
Index.html coloco un hipervinculo hacia
contacto.html de esta manera:
<a href="
contacto.html"> Contacto </a>
Pero en el caso de que la pagina contacto.html este en una carpeta por ejemplo llamada "paginas" el hipervinculo cambiaria y pasaria a ser asi:
<a href="
paginas/contacto.html"> Contacto </a>
paginas/ le esta diciendo a el navegador que la pagina se encuentra en una carpeta llamada paginas. y para volver desde contacto.html a la index.html tendria que ser asi:
<a href="
../index.html">Principal</a>
../ Le indica al navegador que para encontrar la pagina Index hay que salir de la carpeta "paginas".
Te recomiendo que las paginas esten en la misma carpeta para que no te lies tu mismo y no crees errores en los vinculos. pero contestando tu pregunta: Si se puede poner las paginas en otra carpeta.
Saludos.