Cita: Veo que ya es obligatorio migrar la aplicación a lenguaje c , que según veo trabaja con las api de mysql.
Hasta cierto punto. La ventaja de trabajar en C es poder embeber el MySQL dentro de la aplicación, pero tiene la desventaja de no ser compatibles entre bases creadas con versiones distintas del MySQL Server.
Para el caso, si va a usar una únca estructura y versión, y no administarás el servidor desde fuera de tu aplicación, puede funcionar. Pero si le quieres dar flexibilidad, también deberás recurrir al C#.Net... y al mismo conector.