buenas!!
pues... si mi logica no falla lo tendrias facil haciendo un alias en el servidor apache
de esta manera al crear el alias global desde el apache al hacer el llamado al directorio este sera "local" para todos aun cuando no existiera en ninguno
me ejemplifico sin ser exacto en las sintaxis
creas un alias:
alias /libphp "/root/apache/libreriaphp"
esto crea que cuando en el sitio uno o dos la carpeta estara disponible, aun cuando no existe en ninguno de los dos
sitio A
www.sitioA.com/libphp
sitio B
www.sitioB.com/libphp
obviamente todos los include's que requieras deveran estar en el mismo lugar o tambien estar declaradas para que sean validas
un saludo!!
espero que pueda ayudarte