Suponiendo que la informacion siempre va a tener el mismo formato:
Código PHP:
$data = array(1 => 0, 10,20,30);
$mi_variable = "100,300,10";
$array = explode(",", $mi_variable);
for($i = 2; $i <= count($data); $i++) {
$data[$i] = $array[($i - 2)];
}
var_dump($data);
Aunque, hay muchas mas formas de hacerlo.