Buenas
No sé bien bien lo que quieres hacer, pero puedes usar las sentencias [b]system("sentencia");]/b] y es exactamente igual que si lo estuvieras escribiendo desde el Símbolo del sistema ("MS-DOS" de Windows)
Por ejemplo, para crear un nuevo directorio:
Código PHP:
system("mkdir C:\prueba");
Comprueba que se te ha creado el directorio en el servidor.
Espero que te sirva, si no te sirve, especifica mejor el problema please
Saludos!