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[the_ghost]

Dependiendo del efecto que deseas hacer tienes varias alternativas.
El banner superior de palermo.edu puede hacerse como lo propusiste: Crear varios layers, cada uno con un MovieClip (la imagen o animación que quieres mostrar) y luego hacer una función que se encargue de realizar la transición entre el MovieClip que se esté mostrando y el siguiente.
Esta función de transición podría simplemente subir el alpha de un MC y bajar el del otro progresivamente.