Ya tendrías que ver como leer cuentas de correo con asp.net:
http://aspalliance.com/240_POP3_Email.2
Y si encontras nuevos mensajes podes poner en visible un label o una imagen. Y la función que se encarga de controlar si hay nuevos mensajes podrías menterla en un control timer de ajax para que no se recargue la página y no tengas vos que estar permanentemente revisando:
http://www.asp.net/ajax/documentatio...erControl.aspx
Se te simplifica mucho si en vez de tratar de revisar una cuenta de mail, revisas si en tu base alguién te dejo un mensaje usando un formulario de tu sitio.