Cita: EDIT: Estoy usando MySQL 4, si creen conveniente pasarme a la version 5 avisen.
Siempre es bueno tener la ultima versión. Si está en tus manos, cambiate.
La columna permisos siempre es una buena opción, la cosa es que casi todo se maneja desde el lenguaje de programación para visualizar el sistema dependiendo de los permisos.
En este metodo, cada que vas a mostrar algo, se debe hacer una comparación con el usuario que se ha logueado.
Una muy buena opción, sería crear los usuarios a nivel de base de datos. De este modo, se permite a algunos usuarios la consulta o manipulación de ciertas tablas, mientras otras no ademas de evitar mucho código fuente en el sistema.
Un saludo.