con este codigo podrias sacar los nombres de los directorios que tienes y despues por cada nombre de directorio que encuentra verificar si existe en la base de datos: lo que no se, es como hacer para que cuando subas un nuevo directorio el codigo se ejecute.
Código PHP:
<?php
$d = dir("Directorio donde se encuentran los directorios subidos");
while (false !== ($entry = $d->read())) {
echo $entry . "\n"; //$entry contiene los nombres de los directorios encontrados
}
$d->close();
?>
http://be.php.net/manual/fr/class.dir.php