Explícanos un poco más a qué te refieres con "unir varios MATCH AGAINST". ¿Hacer búsquedas full-text en varios campos? ¿Buscar por varios palabras en un único campo?
Revisa si te sirve lo que está en el manual de referencia:
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/...t-boolean.html
Saludos.