Consulta sin respuesta... Hasta ahora! Help!!! VB .net + Base SQL dentro de la aplicó

[CEB_ROJO]

Ola gente, despues de buscar por todos lados, (Foros Incluidos), no encuentro respuesta para saber algo. Aclaro que soy novato en esto de programar.
Estoy haciendo una Aplicación para escritorio en V.B .net con Base de Datos SQL, la cual ya podría poner a funcionar, pero me ata lo siguiente.
Creo el Setup de instalación con la B.D. anexada para que quede dentro de la propia aplicación, (Sugerencia que recibí de varios foros y Pag. web), hasta ahí todo bien, pero ¿Cómo hago para volver a reinstalar la aplicación con las ampliaciones y modificaciones que vaya haciendo sin perder los datos que el Usuario haya Registrado en la B.D.?
Suponiendo que tenga que modificar tablas y agregar mas de ellas, entiendo que al momento de actualizar mi aplicación la B.D. se sobreescribe con la nueva B.D. Vacía y por consiguiente se perderían todos los datos. ¿No es así?
Alguna ayuda por favor... Desde ya muchas Gracias.