Hola marangob, si podes entrar con Root entonces el servicio de Mysql anda... el problema es otro, se me ocurre que tenes un lio con la tabla mysql.user.
proba esta query a ver cuales son los usuarios que tenes...
Código:
select name from mysql.user
a ver que te dice.,..
como cambiaste el pass de root ?
podrias probar algo asi desde la linea de comando....
Código:
mysql> SET PASSWORD FOR root=PASSWORD('nuevo_password');
Saludos